המינהל האזרחי הוא יחידה צבאית שאחראית על יישום המדיניות האזרחית של ישראל בגדה המערבית, ומשמשת זרוע מרכזית של הממשל הצבאי בכל הנוגע לתחומי החיים האזרחיים בשטח הכבוש. אף שדיני הכיבוש מחייבים את המפקד הצבאי לפעול לטובת האוכלוסייה המוגנת, המינהל האזרחי מעולם לא היה גוף ניטרלי. במשך עשרות שנים הוא שימש אמצעי לדיכוי הפלסטינים ולשליטה בחייהם, בקרקעות שלהם ובמשאבי הטבע שלהם. עם זאת, המינהל פעל כחלק מן הממשל הצבאי והיה כפוף, לפחות מבחינה פורמלית, למפקד הצבאי ולמסגרת המשפטית של דיני הכיבוש. גם כאשר שירת אינטרסים ישראליים, סמכויותיו הופעלו במסגרת שהכירה בכך שהגדה המערבית היא שטח כבוש שאינו חלק מישראל, וכי השליטה בו אמורה להיות זמנית.

במאי 2024, בהובלתו של השר בצלאל סמוטריץ', חל שינוי יסודי באופן פעולתו של המינהל האזרחי. מפקד כוחות הצבא בגדה המערבית חתם על תיקון לצו בדבר הקמת המינהל האזרחי, שהסמיך את ראש המינהל למנות אזרח לסגן לעניינים אזרחיים ולהאציל לו סמכויות שלטוניות רחבות. לפי כתב המינוי הצבאי, ראש המינהל האזרחי האציל לסגן סמכויות מכוח 78 צווים צבאיים, חוקים ותקנות, שבאמצעותם מנהל המפקד הצבאי את הגדה המערבית במסגרת משטר הכיבוש. המשרה נוצרה מכוח ההסכם הפוליטי להעברת סמכויות ניהול הגדה המערבית לשר הנוסף במשרד הביטחון (סמוטריץ') ולמינהלת ההתיישבות הכפופה לו.

מטרת המינוי הייתה להכפיף את מנגנון הממשל בגדה המערבית למדיניותו של סמוטריץ' ולהפוך אותו לכלי לקידום מפעל ההתנחלות, לדחיקת הפלסטינים ובסופו של תהליך לפירוק המינהל האזרחי כגוף צבאי. המשמעות הפוליטית של המהלך הוצגה על ידי השרה אורית סטרוק, לדבריה הסגן נועד לשמש "זרוע ביצועית לבצלאל סמוטריץ'", המינהל האזרחי צריך "לסור למרותו", וכפיפות קציני המטה לסגן תהיה "הצעד הראשון באזרוח הניהול". בין משימותיו המרכזיות מנתה סטרוק אכיפה נגד מה שכינתה "ההשתלטות הערבית על שטחי C", קידום תוכניות בנייה והסדרת התנחלויות.

לתפקיד מונה הלל רוט, בוגר ישיבת "עוד יוסף חי", שהתגורר בעבר בהתנחלות יצהר וכיום מתגורר בהתנחלות רבבה. בעבר שימש גם כמנהל כספים ואדמיניסטרציה בארגון "חוננו" המעניק סיוע משפטי לישראלים החשודים, נאשמים או מורשעים בעבירות פשיעה לאומנית, ובהמשך כיהן כגזבר המועצה האזורית שומרון וכמנהל אגף היישובים בה. רוט איננו קצין שצמח במנגנון הממשל הצבאי, אלא אזרח ששירת את מפעל ההתנחלויות כל חייו. בידיו הופקדו סמכויות שנמצאות בלב הכוח השלטוני על השטח הכבוש, ובכלל זה סמכויות המשפיעות ישירות על מיליוני פלסטינים, שאינם מיוצגים במערכת שמינתה אותו ואינם יכולים להשפיע על המדיניות שהוא מופקד על ביצועה.

היקף הכוח שנמסר לרוט תואר בבהירות על ידי סמוטריץ': "יש סגן ראש מינהל אזרחי שהוא אזרח, עובד משרד הביטחון, כפוף לא לראש המינהל האזרחי, לא לאלוף הפיקוד, כפוף למינהלת האזרחית, קיבל ישירות מראש המינהל אצילה של כל הסמכויות… הוא חותם על הצווים, הוא מכנס את מת"ע [מועצת התכנון העליונה], הוא מכריז על אדמות מדינה… הוא מנהל את הקמ"טים [קציני המטה במינהל האזרחי], הוא מוציא מכרזים לכוח אדם, הוא חותם על הפקעות של כבישים, הכול הכול אצלו. כל הסמכויות האזרחיות".

"נוהל העבודה בין מינהלת ההתיישבות למינהל האזרחי" העביר חלק נרחב מסמכויותיו של ראש המינהל האזרחי לסגן אזרחי שאינו כפוף לו מבחינה מקצועית. לפי הנוהל המקורי, ראש המינהל האזרחי לא רשאי לבטל את ההאצלה, לשנות את החלטות הסגן או להתערב בהן למעט במקרים חריגים שנקבעו בנוהל, ובהם חשש לפגיעה בביטחון. כך נוצר מצג שווא כאילו הסמכויות נותרו בתוך המינהל האזרחי, בעוד שבפועל ראש המינהל נותר אחראי על גוף שחלק ניכר מסמכויותיו הועברו לסגן האזרחי, וחלק ניכר מעובדיו ומחייליו הוכפפו למינהלת ההתיישבות הכפופה לשר הנוסף במשרד הביטחון. כאמור, המינהל האזרחי הוא הגוף הצבאי שבאמצעותו מפעיל המפקד הצבאי את סמכויותיו האזרחיות בשטח הכבוש בהתאם למסגרת דיני הכיבוש. לכן, העברת הסמכויות לסגן האזרחי דוחקת את המפקד הצבאי מניהול השטח ומעבירה את מוקד קבלת ההחלטות מהדרג הצבאי לדרג הפוליטי ולמנגנון האזרחי הכפוף לו.

הצבת הסגן בתוך המינהל האזרחי נועדה לטשטש את משמעות המהלך ולשמר את המעטפת הצבאית למראית עין. בפועל, הסגן הוא אזרח הכפוף מבחינה מקצועית ומדינית לראש מינהלת ההתיישבות, ואילו עובדי המינהל וקציני המטה המפעילים את סמכויות המקרקעין, התכנון והאכיפה משמשים זרוע ביצוע של המינהלת. כך הפכה המסגרת הצבאית לכסות פורמלית להעברת השליטה המהותית מן המפקד הצבאי לשר ישראלי ולמנגנון אזרחי הכפוף לו.

בעקבות עתירה שהגישו יש דין והאגודה לזכויות האזרח, שינתה המדינה ב-2025 חלק מהוראות הנוהל והשיבה לראש המינהל ולמפקד הצבאי יכולת מסוימת להתערב בהפעלת הסמכויות. עם זאת, לב המהלך נותר על כנו: סמכויות שלטוניות רחבות נותרו בידי סגן אזרחי הכפוף למינהלת ההתיישבות ומקבל ממנה את הכוונת המדיניות.

גם הייעוץ המשפטי להפעלת הסמכויות שהועברו לו הוצא מן המסגרת הצבאית (יועמ"ש איו"ש) והועבר ליועץ המשפטי במשרד הביטחון. כך הועבר לדרג האזרחי-פוליטי לא רק הכוח לקבוע מדיניות וליישמה, אלא גם המנגנון המשפטי המלווה אותה. המפקד הצבאי נותר בעל הסמכות הפורמלית, אך יכולתו להתערב הוגבלה למקרים בעלי השפעה ביטחונית קריטית.

ביולי 2026 קיבעה הממשלה את מנגנון העברת הסמכויות והפכה אותו מהסדר זמני לתשתית שלטונית קבועה. במסגרת המהלך אושר פטור ממכרז למשרת ראש מינהלת ההתיישבות, וכהונתו של הלל רוט הוארכה מארבע לשש שנים. המהלך נועד להבטיח את המשך פעילותם של המינהלת ושל רוט גם לאחר הבחירות ולהקשות על ממשלה עתידית לבטל את השינויים המבניים שנעשו באופן השליטה של ישראל בגדה המערבית. בכך עיגנה הממשלה את מנגנון הסיפוח בתוך שירות המדינה, הגנה עליו מפני חילופי שלטון והפכה את העברת ניהול הגדה המערבית לדרג פוליטי ישראלי לעובדה מוסדית שנועדה להישאר לעד.