בפברואר 2023 החליטה הממשלה לשנות את שמו של משרד ההתיישבות ל"משרד ההתיישבות והמשימות הלאומיות", ולהעביר תחומי אחריות שונים, גופים ואגפים הנוגעים לקידום ההתנחלויות בגדה המערבית לסמכותה של השרה אורית סטרוק. בכך נוסף למנגנון הסיפוח של הגדה המערבית משרד ממשלתי בעל תקציבים וסמכויות ביצוע נרחבות, בראשות של שרה שמזוהה במובהק עם תנועת ההתנחלות הישראלית. עם כניסתה לתפקיד, סטרוק עצמה תיארה את המשרד כ"תמצית חזונה ומטרותיה" של תנועתה. באחריות המשרד רוכזו בין היתר הגרעינים המשימתיים, השירות הלאומי, המכינות הקדם-צבאיות, וכן אגפים ותוכניות בתחום התרבות והזהות היהודית. הרחבת סמכויות המשרד לוותה גם בהגדלה של התקציב שלו. בשנים 2025-2023 נוספו לתקציב המשרד מאות מיליוני שקלים מכספים קואליציוניים ומהעברות תקציביות. על פי דיווחים, היקף התוספות הקואליציוניות עמד בממוצע על כ-350 מיליון שקל מדי שנה.

באוגוסט 2023 פורסם כי כי משרד ההתיישבות והמשימות הלאומיות מקדם תוכנית בהיקף של לפחות 672 מיליון שקל לחיזוק מה שהוגדר כ"חוסן האזרחי" בהתנחלויות. אף שהוצגה כתוכנית ביטחונית, חלק ניכר ממנה נועד להרחבת ההתנחלויות והמאחזים ולהגדלת מספר האזרחים הישראלים המתגוררים בגדה המערבית. התוכנית כללה בין היתר פינוי של חמישה בסיסי צבא לצורך הקמת שכונות ואזורי תעסוקה; פיתוח תשתיות ומבני ציבור בהתנחלויות ובמאחזים; הרחבת מוסדות חינוך שסביבם מתפתחים מאחזים והתנחלויות; תמיכה ברועי צאן ומאחזי חווה; ועידוד מהגרים יהודים להשתקע בהתנחלויות באמצעות ירידים בחו"ל וסיוע כלכלי.

התוכנית לא אומצה בהחלטת ממשלה, בין היתר בשל התנגדות שב"כ ובעקבות לחץ בין-לאומי. אולם, אף שהתוכנית לא אושרה כמקשה אחת, חלק מהתקציבים והפעולות שנכללו בתוכנית קודמו בנפרד באמצעות תקציב המדינה, כספים קואליציוניים והעברות תקציביות. פיצול הפעולות המתוכננות למסלולים תקציביים נפרדים אפשר לממשלה לקדם את הרחבת ההתנחלויות והמאחזים, חיזוק התשתיות ועידוד ההגירה הישראלית לגדה המערבית, מבלי לאשר את התוכנית בהחלטת ממשלה ומבלי לקיים דיון פומבי בעניין. על מנת להסיר חסמים לביצוע התוכניות, השרה סטרוק מונתה לחברה במועצת רשות מקרקעי ישראל, ונציג של משרדה מונה לוועדת המשנה להתיישבות של מועצת התכנון העליונה במינהל האזרחי.

במסגרת משרד ההתיישבות פועל האגף לתכנון ובקרה, האחראי לריכוז, לתיאום ולפיקוח על עבודת הממשלה מול החטיבה להתיישבות. החטיבה להתיישבות ממומנת על ידי ממשלת ישראל, אך שייכת להסתדרות הציונית העולמית, ולכן אינה כפופה לכל מנגנוני הפיקוח החלים על משרדי הממשלה. באמצעות האגף לתכנון ובקרה מחזיק משרד ההתיישבות בהשפעה ישירה על הגוף המשמש את הממשלה להעברת תקציבים ולביצוע פרויקטים בהתנחלויות ובמאחזים. במרץ 2024, הממשלה העמיקה את שליטתה במנגנון זה באמצעות החלטת ממשלה שהגדילה את תקציב החטיבה להתיישבות והסירה מספר מנגנוני פיקוח על פעילותה. ההחלטה גם קבעה כי שרת ההתיישבות תקבע את מדיניות החטיבה, מטרותיה, יעדיה וסדרי העדיפויות שלה, ותאשר את תוכנית העבודה השנתית שלה. בכך התחזקה יכולתו של משרד ההתיישבות להשתמש בחטיבה להתיישבות כזרוע ביצועית להעברת תקציבים ולביצוע פרויקטים בהתנחלויות בגדה המערבית.

ביוני 2024, בכנס מיוחד לבעלי חוות בגדה המערבית שיזמו החטיבה להתיישבות ותנועת אמנה והובילה אורית סטרוק, הושקה תוכנית בעלות של 75 מיליון שקל למימון "מרכיבי ביטחון עבור מאחזי החווה", הכוללים כלי רכב, רחפנים וציוד נוסף. בכנס קרא מזכ"ל אמנה זאב חבר להקים עשרות מאחזי-חווה נוספים, והתחייב לפעול לביסוסם ולהרחבתם. השרה סטרוק הוסיפה כי "יש לי זכות גדולה כשרת ההתיישבות לחזק אתכם ואת ההתיישבות שאתם מובילים, אנחנו כאן בשבילכם ונמשיך להיות". מאחזי החווה מאפשרים למספר קטן של מתנחלים להשתלט על שטחים נרחבים, לחסום את גישתן של קהילות פלסטיניות לקרקע ולמקורות מים ובשילוב עם אלימות קשה הפכו למוקדים לגירושן בכפייה של עשרות קהילות פלסטיניות ברחבי הגדה.

פעילות המשרד כוללת מימון של מערך סיור ופיקוח שמפעילות מועצות ההתנחלויות להרחבת שליטתן מעבר לשטח הבנוי, ולעיתים אף מחוץ לתחום השיפוט. תחת הכותרת "מחלקות סיור קרקעות" המדינה מממנת באמצעות תקציבי המשרד סיירים, כלי רכב, רחפנים, מצלמות גוף ומערכות תצפית, המשמשים לאיתור בנייה ושימוש פלסטיניים בקרקע ולהעברת מידע לגופי האכיפה הישראליים. תקציב התמיכה במחלקות סיור הקרקעות גדל מ-20 מיליון ש"ח בשנת 2021 לכ-33 מיליון ש"ח בשנת 2025. כך הופכות מועצות ההתנחלויות לזרוע אזרחית של מנגנון השליטה הישראלי, הפועלת להעמקת האחיזה בקרקע, להפעלת האכיפה נגד השימוש הפלסטיני בה ולשמירתה לצורכי התרחבות עתידית של ההתנחלויות.

במקביל להעברת התקציבים והסמכויות, נציגים המזוהים עם תנועת ההתנחלות שובצו במוקדי קבלת החלטות ופיקוח נוספים. במאי 2023 צורף נציג מטעם של משרדה של סטרוק לוועדת המשנה להתיישבות של מועצת התכנון העליונה, הגוף המאשר תוכניות בנייה בהתנחלויות. כך קיבל המשרד דריסת רגל ישירה גם במנגנון התכנון המרכזי של ההתנחלויות. כדי להשלים את התמונה יש לציין כי גם בראש ועדת המשנה לענייני הגדה המערבית של ועדת החוץ והביטחון, המופקדת על מעקב ופיקוח פרלמנטרי אחר העניינים האזרחיים בגדה, עמד חבר הכנסת צבי סוכות, המזוהה עם תנועת ההתנחלות.

היעד הפוליטי של המנגנון שהקימה השרה סטרוק באמצעות משרדה הוצג בגלוי בידי סטרוק עצמה. בנובמבר 2024 הסבירה כי משרדה פועל כדי שבמועד החלת הריבונות (סיפוח) היא תחול על "מקסימום שטח", וכי היקף השטח שעליו תוחל הריבונות ייקבע במידה רבה באמצעות ה"התיישבות". לדבריה, משום כך מטפח המשרד את המאחזים ומאחזי החווה, אותם היא מכנה "ההתיישבות הצעירה". דבריה מבהירים כי התמיכה בהתרחבות המאחזים הן חלק ממדיניות מכוונת לתפוס שטח, ליצור רצף של שליטה ישראלית ולהכין את התשתית הטריטוריאלית לסיפוח השטח על ידי ישראל.