בית המשפט העליון נתפס בישראל כשומר סף המגביל את כוחה של הממשלה, ומגן על שלטון החוק הישראלי. בשנים האחרונות, הפכה מערכת המשפט הישראלית למוקד לביקורת חריפה מצד גורמים פוליטיים בישראל, המציגים את בית המשפט כמוסד שמתערב יתר על המידה בהחלטות הדרג המדיני ובמדיניות השליטה הישראלית בגדה המערבית. על רקע זה קודמו  בשנים האחרונות מהלכים שנועדו לצמצם את עצמאותה של מערכת המשפט ואת סמכויותיו של בית המשפט העליון. ואולם, בניגוד לדימוי של בית המשפט כמוסד מרסן, בכל הנוגע לכיבוש הישראלי, מילא בית המשפט העליון לאורך השנים תפקיד מרכזי במתן לגיטימציה למדיניות ולמנגנונים שבאמצעותם מתקיימת השליטה הישראלית בשטחים הכבושים, ובנרמולם כחלק ממערכת שלטונית הפועלת לכאורה במסגרת החוק.

לאורך עשרות שנות הכיבוש התערב בית המשפט העליון במדיניות הישראלית בגדה המערבית, ולעיתים אף הגביל את פעולות המדינה בשטח הכבוש. כך, ב-1979 קבע בית המשפט בפרשת דויקאת (אלון מורה) כי לא ניתן להוציא צו תפיסה צבאי על קרקע פלסטינית פרטית לצורך הקמת התנחלות בהיעדר צורך צבאי, וב-2020 פסל את "חוק ההסדרה", שנועד להכשיר בנייה בהתנחלויות ובמאחזים על קרקע פלסטינית פרטית.

ואולם, גם כאשר הציב גבולות לפעולות מסוימות של המדינה, בית המשפט נמנע בעקביות מהכרעה בשאלות עקרוניות ומבניות הנוגעות למשטר הכיבוש, ובראשן חוקיותו של מפעל ההתנחלויות עצמו ודחה שורה ארוכה של עתירות מרכזיות שתקפו פרקטיקות שונות באמצעותן העמיקה ישראל את שליטתה בשטח הכבוש.

כך, בין היתר, ב-1993 דחה בית המשפט עתירה שביקשה לקבוע כי מדיניות ההתנחלויות בשטחים הכבושים איננה חוקית, תוך שהוא קובע כי מדובר בסוגיה פוליטית שאינה מתאימה להכרעה שיפוטית. בפסקי הדין בעניין חומת ההפרדה קבע בית המשפט כי ישראל יכולה להקים את החומה בתוך שטח הגדה המערבית מטעמי ביטחון, וזאת בניגוד לעמדת בית הדין הבינלאומי לצדק, שקבע ב-2004 כי הקמת חומת ההפרדה בשטח הכבוש ומשטר השליטה הנלווה לה מנוגדים למשפט הבינלאומי שכן הם עלולים להוביל לסיפוח דה-פקטו. ב-2011 דחה בית המשפט את עתירת יש דין נגד פעילות מחצבות ישראליות בגדה המערבית והעברתם של משאבי טבע לישראל, ובכך הכשיר עושק קולוניאליסטי בוטה של אוצרות אדמה כבושה. ב-2014 דחה בית המשפט עתירה עקרונית של שמונה ארגוני זכויות אדם נגד מדיניות הריסת הבתים העונשית והתיר למפקד הצבאי לעשות שימוש בפרקטיקה זו. ב-2022 דחה בית המשפט את עתירת תושבי מסאפר יטא כנגד ההכרזה על אזור המגורים שלהם כשטח אש 918, וכך סלל את הדרך לגירושם הכפוי של יותר מ-1000 בני אדם. באותה השנה בפרשת מצפה כרמים, הכשיר בית המשפט בדעת רוב מאחז שנבנה על קרקע פלסטינית פרטית וקבע כי אין לפנותו. הפסיקה יצרה מנגנון שעשוי לשמש להכשרה בדיעבד של אלפי מבנים נוספים בהתנחלויות ובמאחזים שנבנו על קרקע פלסטינית פרטית.

פסיקות אלו מלמדות על תפקידו של בית המשפט העליון בעיצוב המסגרת המשפטית שבתוכה מתקיימת השליטה הישראלית בגדה המערבית ובהענקת ההכשר המשפטי לאותם המנגנונים שהעמיקו שליטה זו וביססו את מפעל ההתנחלויות. בכך תרם בית המשפט לנרמולו המשפטי של מפעל ההתנחלויות אף שעצם קיומן מנוגד למשפט הבינלאומי.

דפוס זה ניכר גם בעתירות נגד צעדי סיפוח מפורשים יותר. בינואר 2026 דחה בית המשפט עתירה שהגישו יש דין והאגודה לזכויות האזרח נגד העברת סמכויות שלטוניות מן המפקד הצבאי לשר בצלאל סמוטריץ' ולסגן האזרחי במינהל האזרחי. במהלך הדיונים הביא בית המשפט לתיקון חלק מההסדרים, אך העברת הסמכויות עצמה נותרה בעינה. באותו חודש דחה בית המשפט כ"מוקדמת" גם את עתירת יש דין, במקום, האגודה לזכויות האזרח בישראל והמוקד להגנת הפרט נגד חידוש הליכי הסדר המקרקעין בגדה, ונמנע מהכרעה בטענת העותרים כי המהלך מהווה סיפוח. בשני המקרים נמנע בית המשפט מהצבת גבול למהלכים המשנים באופן יסודי את אופי השליטה הישראלית בגדה ומעבירים אותה ממשטר צבאי זמני למנגנונים המאפיינים שלטון ריבוני קבוע. בכך הותיר בית המשפט את צעדי הסיפוח על כנם ואפשר את המשך קידומם.

התרחבות ההתנחלויות, כמו גם העמקת השליטה הישראלית בגדה הן עצמן מרכיבים בתהליך הסיפוח של הגדה המערבית. חוות הדעת המייעצת של בית הדין הבינלאומי לצדק קבעה ב-2024 כי מדיניות ההתנחלויות הישראלית הכוללות הרחבת התנחלויות, הקמת תשתיות עבור מתנחלים, חומת ההפרדה וניצול משאבי הטבע של הגדה מעמיקים את השליטה הישראלית בשטח הכבוש ומהווים סיפוח של חלקים נרחבים מהשטח הפלסטיני הכבוש. פסיקות בית המשפט תרמו להכשרת מנגנונים אלה ולהענקת מעטה של חוקיות לפעולות שביססו את השליטה הישראלית בשטח, ובכך סייעו להפוך משטר כיבוש שאמור להיות זמני למערכת שלטונית קבועה. לאורך השנים יצרה הפסיקה תשתית משפטית ומוסדית שעליה נשענים גם צעדי הסיפוח המפורשים יותר המקודמים כיום. במובן זה, בית המשפט הוא חלק מן המנגנון המשפטי שאִפשר את התבססותו והעמקתו של תהליך סיפוח הגדה המערבית.