מינהלת ההתיישבות (המכונה בקרב המתנחלים גם "מינהלת ההסדרה") הוקמה כגוף ממשלתי חדש על ידי הממשלה ה-37, כחלק מההסכם הקואליציוני בין מפלגת הליכוד ומפלגת הציונית הדתית. הקמתה עוגנה בפברואר 2023 ב"מסמך הבנות וחלוקת אחריות וסמכויות בין שר הביטחון והשר הנוסף במשרד הביטחון", שקבע הן את חלוקת הסמכויות בין השרים ואת הקמת המינהלת כגוף ממשלתי ייעודי לניהול כלל היבטי החיים האזרחיים בשטחים הכבושים. הגוף, ששמו הרשמי הוא "מינהלת ההתיישבות (הסדרת שירותים אזרחיים ביו"ש [הגדה המערבית])", כפוף ישירות לשר הנוסף במשרד הביטחון, תפקיד שנוצר אף הוא במסגרת ההסכמים הקואליציוניים ואויש בידי בצלאל סמוטריץ'. המינהלת אינה עוסקת רק במתן שירותים אזרחיים למתנחלים, היא מרכזת ומקדמת מדיניות בנושאים של תכנון ובנייה, קרקעות, הכשרת מאחזים, אכיפה, כבישים ותשתיות, ארכיאולוגיה ושמורות טבע בגדה המערבית.

עד להקמת המינהלת נוהלו תחומים אלו במסגרת הממשל הצבאי באמצעות המינהל האזרחי. כך שמדובר בשינוי יסודי במבנה השליטה הישראלית בשטח הכבוש. בפועל מינהלת ההתיישבות מתפקדת כמינהל האזרחי החדש, אך בניגוד אליו היא איננה חלק מהצבא אלא גוף ממשלתי שאליו הועברו סמכויות שהיו בידי המפקד הצבאי, המאפשרות לו לחלוש על רוב היבטי החיים של ההתנחלויות בשטח הכבוש והן על תחומים המשפיעים ישירות על פלסטינים, ובראשם תכנון, מקרקעין ואכיפה בשטח C. סמוטריץ' עצמו תיאר את משמעות המהלך בכנס פנימי של מפלגת הציונות הדתית: "יצרנו מערכת אזרחית נפרדת, יש משרד בתוך משרד הביטחון […] המינהלת האזרחית קיבלה ישירות מראש המינהל אצילה של כל הסמכויות".

בפברואר 2023 מונה יהודה אליהו לראש מינהלת ההתיישבות. אליהו, תושב המאחז חרשה שהוכשר בדיעבד, היה שותף בעבר להקמת ארגון רגבים יחד עם סמוטריץ' ונחשב ליד ימינו. לצדו של אליהו פעל במינהלת יוני דנינו, איש אמון נוסף המזוהה עם תנועת ההתנחלות ששימש בעבר עוזרו של ראש מועצת מטה בנימין.

סמכויות המינהלת נגזרות מן הסמכויות שניתנו לשר הנוסף במשרד הביטחון בעניינים האזרחיים בגדה המערבית ומאפשרים לה מעורבות עמוקה בהקמת התנחלויות והרחבתן ובביסוס השליטה הישראלית בגדה המערבית. במסגרת זו המינהלת מתווה מדיניות ומנחה מקצועית את המערך האזרחי בתחומים שהועברו לאחריות השר. היא מקדמת תוכניות בנייה להתנחלויות; פועלת להכשרת מאחזים ולהפיכתם להתנחלויות מוכרות; מקדמת הכרזה על קרקעות כ"אדמות מדינה" ורישומן; מעורבת בהליכי הפקעה ובעסקאות מקרקעין; משפיעה על מדיניות האכיפה נגד בנייה ישראלית ופלסטינית; ומקדמת כבישים, מים, חשמל ותשתיות נוספות המשרתות את ההתנחלויות. באחריות המערך נמצאים גם תחומים כמו ארכיאולוגיה ושמורות טבע, המשפיעים אף הם על השליטה בקרקע ועל אפשרויות השימוש בה.

על פי מסמך ההבנות, בין תפקיד המינהלת נמנים גם הובלת הרפורמה המכונה "אזרחות שווה", שנועדה להתאים את השירותים וההסדרים שמעניקים משרדי הממשלה למתנחלים לאלה הניתנים לאזרחים בתוך ישראל, קידום  הסדרת מאחזים בלתי מורשים בגדה והתאמת החקיקה הצבאית לדין הישראלי. כלומר, העתקת הדין הישראלי אל הגה באמצעות צווים צבאיים כדי לבטל את הצורך בהחלה פורמלית של החוק הישראלי הרשמי על התנחלויות.

כך, בשנת 2024 הוחלו באמצעות צו אלוף חוקי ההתחדשות העירונית הישראליים גם בהתנחלויות, למרות שהדין הישראלי לא חל בהן. על פי דיווח בתקשורת במינהלת עצמה תיארו את המהלך כ"ריבונות דה-פקטו בשטח". באותה שנה גיבשה מינהלת ההתיישבות, בשיתוף המינהל האזרחי, רשימה של עשרות "אתרים בהסדרה", כלומר מאחזים בלתי מורשים שקיבלו מעמד המאפשר לקדם בהם תשתיות ושירותים שונים עוד לפני שהוכשרו. במקביל הובילה המינהלת מהלכים להכרה והסדרה של עשרות התנחלויות ומאחזים נוספים. המינהלת הובילה גם עבודות למיפוי קרקעות, קביעת קווים כחולים, ובהובלתה קודמו הכרזות נרחבות על קרקעות בגדה כ"אדמות מדינה", המרחיבות את היקף האדמות שבשליטה ישראלית ומשמשות להרחבת ההתנחלויות.

למינהלת הוקצו עשרות תקנים בלבד, אך בפועל היא נשענת על מנגנון הביצוע של המינהל האזרחי, המעסיק מאות עובדים. נוהל העבודה בין מינהלת ההתיישבות למינהל האזרחי מעגן מבנה שבו הסגן האזרחי לראש המינהל מרכז בידיו את הסמכויות הרלוונטיות ומשמש כממונה הישיר על שורה ארוכה של יחידות וקציני מטה במינהל האזרחי. כך אין צורך להעביר מאות עובדים מהמינהל האזרחי למינהלת: המינהלת מתווה ומקדמת את המדיניות, והסגן האזרחי יחד עם יחידות המינהל והפקידים הכפופים לו, מוציאים אותה לפועל.

ביולי 2026 אישרה ועדת השירות של נציבות שירות המדינה את קיבוע המינהלת כגוף רשמי במשרד הביטחון, צעד שעשוי לחזק את מעמדה ולהקל על המשך פעילותה גם לאחר חילופי ממשלה. במקביל הוארכה כהונתו של סגן ראש המינהל האזרחי מארבע לשש שנים. מהלכים אלה נועדו לעגן את המבנה המוסדי שהקים סמוטריץ' ולהקשות על פירוקו או על השבת הסמכויות למנגנון הצבאי לאחר חילופי שלטון.

המבנה החדש מעמיק וממסד את ההפרדה והעליונות היהודית המאפיינות את משטר האפרטהייד בגדה המערבית. שתי אוכלוסיות החיות באותו שטח כפופות למערכות שלטון שונות: המתנחלים משולבים יותר ויותר במנגנונים האזרחיים הישראליים ונהנים משירותים והסדרים כאילו חיו בישראל, בעוד פלסטינים תושבי הגדה נותרים תחת שלטון צבאי, ללא ייצוג פוליטי במערכת שמקבלת החלטות על חייהם. במקביל, המערך שהוקם כדי "לאזרח" את ניהול ההתנחלויות שולט עתה בהחלטות המשפיעות ישירות על הפלסטינים תושבי הגדה המערבית: היכן יוכלו לבנות, האם בתיהם ייהרסו ואילו אדמות יוכרזו כאדמות מדינה. כך, במסגרת משטר זה, גוף שהוקם במוצהר לקידום האינטרסים של ההתנחלויות מקבל כוח שלטוני על פני האוכלוסייה הפלסטינית הנמצאת תחת כיבוש, וסמכויות על הקרקע, הפיתוח והבנייה שלה.

להעברת הסמכויות האזרחיות מהמערכת הצבאית למערך האזרחי מתלווה גם שינוי במערך הייעוץ המשפטי. עם הוצאתן של סמכויות אזרחיות מתחום האחריות של המערכת הצבאית, צומצם גם תחום אחריותו של הייעוץ המשפטי הצבאי ביחס אליהן. המינהלת מקבלת ייעוץ משפטי מגורם אזרחי במשרד הביטחון, הפועל במסגרת המערך הממשלתי הכפוף לשר ומסייע בקידום מדיניותו. עד לשינוי, היה הייעוץ המשפטי הצבאי אמון על בחינת הפעלת הסמכויות בהתאם לדיני הכיבוש ולחובות המפקד הצבאי כלפי האוכלוסייה הפלסטינית המוגנת, ובכך שימש גם מנגנון מרסן על מדיניות הממשלה בשטח הכבוש. הוצאת סמכויות אלה מתחום אחריותו של הצבא שלכאורה מחויב לדיני הכיבוש והעברתם למסגרת אזרחית מחלישה מנגנון בקרה זה.

השפעתה של המינהלת ניכרת גם במדיניות האכיפה בשטח. מסיכום דיון פנימי שכותרתו "היעדר אכיפה כלפי בנייה בלתי חוקית באיו"ש", שפורסם במאי 2024, עולה כי גם תוכניות אכיפה שאושרו בפיקוד המרכז נדרשו לקבל את אישור מינהלת ההתיישבות. לפי מפקד פיקוד המרכז דאז, יהודה פוקס, המינהלת נמנעה מלאשר אכיפה נגד בנייה ישראלית בלתי חוקית, בעוד שתוכניות אכיפה נגד בנייה פלסטינית אושרו באופן שיטתי ובמלואן. המינהלת אף מנעה פעולות אכיפה שהמדינה התחייבה לבצע בפני בתי המשפט. כך נדרש המפקד הצבאי, בעל הסמכות הפורמלית בשטח, לקבל בפועל את אישורו של מנגנון אזרחי-פוליטי כדי לאכוף את החוק.

הקמת מינהלת ההתיישבות היא צעד מרכזי במהלך לשינוי אופייה של השליטה הישראלית בגדה המערבית. ישראל אינה מבטלת את הממשל הצבאי ואינה מכריזה באופן רשמי על סיפוח, דבר אשר יוביל בהכרח לסנקציות מצד הקהילה הבינלאומית. במקום זאת, היא הותירה את המסגרת הצבאית הפורמלית על כנה באמצעות המינהל האזרחי, אך העבירה את סמכויותיו, ובהם קביעת המדיניות וניהול בפועל של הקרקע, התכנון, ההתנחלויות והתשתיות למינהלת ההתיישבות שהינה מערך פוליטי־אזרחי ישראלי. זהו מנגנון של סיפוח, לא באמצעות הכרזה אלא באמצעות שינוי האופן שבו הגדה מנוהלת.