כל התנחלות היא מרכזו של שדה השפעה הפוגע בזכויות היסוד של הפלסטינים החיים בסביבתה – כך נכתב בנייר עמדה בנושא השפעת ההתנחלויות על זכויות הפלסטינים בגדה המערבית שהגיש יש דין לוועדת הבדיקה לעניין ההתנחלויות הישראליות בשטחים הפלסטינים הכבושים, . שהוקמה על ידי מועצת זכויות האדם של האו"ם באפריל 2012.

המסמך סוקר את ההשלכות של ההתנחלויות הישראליות בגדה המערבית על זכויות אדם של האזרחים הפלסטינים שיש דין פועל להגן עליהן וחקר אותן במהלך שנות פעילותו. המסמך מציג את ממצאי עבודת השטח והמחקר של שבע שנות פעילות הארגון במעקב אחר אכיפת החוק על אזרחים ישראלים שפוגעים בפלסטינים, מעקב אחר השתלטות על אדמות פלסטיניות ומעקב אחר אכיפת החוק על אנשי כוחות הביטחון בשטחים הכבושים.

יש דין סבור כי כל ההתנחלויות הישראליות בגדה המערבית אינן חוקיות, וכי הקמתן היא הפרה חמורה של המשפט ההומניטרי הבינלאומי הקובע איסור מפורש על העברת אוכלוסייה מן המעצמה הכובשת לשטח הכבוש.

בנוסף, כל התנחלות היא מרכזו של שדה השפעה היוצר מגבלות שונות בדרגות משתנות על מימוש זכויות היסוד של הפלסטינים החיים בסביבתה. לשיטת יש דין, ההתנחלויות הישראליות הן מקור מרכזי לפגיעה קשה בזכויות האדם של האזרחים הפלסטינים החיים במקום. הפגיעה היא רב ממדית ונוגעת כמעט לכל זכות אדם וחירות יסודית המוכרת במשפט זכויות האדם הבינלאומי.

בשל פעולות המתנחלים והגיבוי שהם מקבלים מהשלטונות, במחדל ולעתים במעשה, ובשל מדיניות הצבא בנוגע להגנה על התנחלויות, נפגעות קשה זכותם של הפלסטינים לחיים, לשלמות הגוף ולביטחון, לזכות קניין, לחופש תנועה ולשוויון, וכן נפגעת זכותם הקולקטיבית על אוצרות הטבע שלהם.

חלק מהמגבלות הללו נובעות משיקולים ביטחוניים, בשל הסכסוך המתמשך אשר כלל לא אחת התקפות אלימות ואף רצחניות על תושבי ההתנחלויות; חלק מהמגבלות מתורצות בשיקולי ביטחון , אף שלהבנתנו אין דבר בינם ובין שיקולי ביטחון; חלקן נובעות באופן מובהק משיקולים פוליטיים ומדיניים.