הלל רוט למד בישיבת "עוד יוסף חי", בעבר הוא התגורר בהתנחלות יצהר וכיום מתגורר בהתנחלות רבבה. ממאי 2024 הוא מכהן כסגן האזרחי לראש המינהל האזרחי, הוא הגיע לתפקיד לאחר שנים של פעילות בארגונים המובילים את תנועת ההתנחלות ומקדמים את יעדיה. ב-2004 היה מנהל הכספים והאדמיניסטרציה של ארגון חוננו, המעניק סיוע משפטי לישראלים החשודים בעבירות אידיאולוגיות כלפי פלסטינים. בהמשך כיהן כגזבר המועצה האזורית שומרון וכסמנכ"ל מרכז ישיבות ואולפנות בני עקיבא.

במאי 2024 מונה רוט לתפקיד סגן ראש המינהל האזרחי – במהלך שהכניס לראשונה נושאי תפקידים אזרחיים, הכפופים ישירות לשרים ולמשרדי ממשלה, אל תוך המערכת הצבאית ששולטת בגדה המערבית. לשם כך תיקן מפקד כוחות הצבא בגדה את הצו בדבר הקמת המינהל האזרחי, שעל אף שמה הינה יחידה צבאית, באופן שאפשר למנות לראש המינהל סגן אזרחי ולהאציל לו סמכויות שלטוניות. באמצעות שורה של צווים, חוקים ותקנות צבאיים, קיבל רוט עשרות סמכויות בתחומי המקרקעין, התכנון והבנייה, הכרזה על אדמות מדינה, הפקעת קרקעות, ניהול מועצות ההתנחלויות, תשתיות, עתיקות, שמורות טבע ואכיפה. במסגרת זו, מרבית עובדי המינהל האזרחי וקציני המטה האחראים על תחומים אלה הוכפפו אליו.

למרות התואר, רוט אינו סגן הכפוף מקצועית לראש המינהל האזרחי. הוא פועל בהתאם להכוונת מינהלת ההתיישבות, שהיא מנגנון אזרחי הכפוף ישירות לשר סמוטריץ', ולא כחלק משרשרת הפיקוד הצבאית. גם הייעוץ המשפטי להפעלת סמכויותיו הועבר מהיועץ המשפטי של הצבא, אל היועץ המשפטי למערכת הביטחון. על פי נוהל העבודה בין מינהלת ההתיישבות למינהל האזרחי, השליטה המעשית בתחומים מרכזיים הועברה לידי רוט שהינו אזרח הכפוף למנגנון פוליטי ישראלי, למרות שהתואר שלו כביכול קשור ליחידה הצבאית המינהל האזרחי. באופן הזה נשמרת כלפי חוץ מעטפת של ממשל צבאי.

המטרה הפוליטית של מינוי רוט לסגן ראש המינהל האזרחי הוצגה בגלוי. השרה אורית סטרוק הגדירה אותו כ"זרוע ביצועית לבצלאל סמוטריץ'", והוסיפה כי המינהל האזרחי צריך "לסור למרותו". סמוטריץ' עצמו הסביר לאחר המינוי כי רוט חותם על צווים והפקעות, מכנס את מועצת התכנון העליונה, מכריז על אדמות מדינה ומנהל את קציני המטה וסיכם כי "כל הסמכויות האזרחיות" נמצאות בידיו.