עם כינון הממשלה תוקן חוק יסוד הממשלה (תיקון מס' 11) כדי לאפשר כהונה של יותר משר אחד במשרד ממשלתי, ובצלאל סמוטריץ' מונה לשר האוצר ובמקביל לשר נוסף במשרד הביטחון. ב-23 בפברואר 2023 נחתם בינו לבין שר הביטחון דאז יואב גלנט הסכם הבנות וחלוקת אחריות וסמכויות, שנועד לממש את ההתחייבות הקואליציונית ולהסדיר את שליטתו של סמוטריץ' במרבית התחומים האזרחיים שמשפיעים על חיי היום-יום בגדה המערבית.

הסכם חלוקת הסמכויות נפתח בהכרזה שלפיה הוא איננו משנה את מעמדה המשפטי של הגדה המערבית, או את הדין החל בה. אולם המסמך ונספחיו מתארים מהפכה של ממש במבנה השלטון בגדה המערבית, המהווה צעד מרכזי בתהליך הסיפוח שלה. בפועל, ההסכם מחלק את השליטה בשטח הכבוש בין שר הביטחון, שנותר אחראי בעיקר על עניינים ביטחוניים ומבצעיים, לבין השר הנוסף, שקיבל אחריות על פעילות מתאם פעולות הממשלה בשטחים (להלן: מתפ"ש) ועל המינהל האזרחי בתחומים שהוגדרו כאזרחיים. בין היתר, מדובר בסמכויות תכנון ובנייה, רישום מקרקעין ואדמות מדינה, תשתיות ושירותים אזרחיים, שמורות טבע ומדיניות האכיפה בתחום הבנייה והמקרקעין.

לשם כך הוקמה בתוך משרד הביטחון מינהלת ההתיישבות (המכונה בקרב המתנחלים גם "מינהלת ההסדרה"), המופקדת על ניהול והכוונה של המתפ"ש והמינהל האזרחי ועל קידום ההסדרה של מאחזים והתנחלויות. יש לציין כי ההסכם מסווג חלק מהתחומים הנוגעים לחיי הפלסטינים כעניינים ביטחוניים, אף שתחומים מקבילים הנוגעים למתנחלים הוגדרו כאזרחיים. כך למשל, תעריפי המים לאוכלוסייה הפלסטינית הוגדרו כתחום ביטחוני שנותר בסמכות שר הביטחון.

המינהל האזרחי הוא חלק ממנגנון השלטון הצבאי בגדה המערבית, ומופקד מטעם הצבא על ניהול היבטים אזרחיים של השליטה בשטח, בהתאם לדין החל במצב של כיבוש. העברת האחריות עליו לידי סמוטריץ' הכפיפה חלק מרכזי ממנגנון זה לשר פוליטי שהמדיניות המוצהרת שלו היא קידום ההתנחלויות והאינטרסים של המתנחלים הישראלים. בכך הועבר מרכז הכובד בניהול השטח הכבוש מן המפקד הצבאי לדרג אזרחי פוליטי בממשלת ישראל, בניגוד למסגרת המשפטית שקובעים דיני הכיבוש, ובראשם תקנות האג, שלפיה הסמכות והאחריות לניהול השטח הכבוש נתונות בידי המפקד הצבאי. השלטון הצבאי, שאמור להיות זמני, נותר כמעטפת פורמלית בלבד שנועדה להסתיר את העובדה שניהול השטח הוחלף בפועל בניהול אזרחי פוליטי בידי המדינה הכובשת. זהו צעד מרכזי בסיפוח הגדה.

במקביל, ההסכם יצר לצד ראש המינהל האזרחי (שהוא קצין בצבא) תפקיד חדש של סגן אזרחי. הסגן אמנם כפוף פיקודית לראש המינהל האזרחי, אבל מבחינה מקצועית הוא כפוף לראש מינהלת ההתיישבות, והוא ממונה על העובדים והיחידות העוסקים בתחומים שבאחריות השר הנוסף במשרד הביטחון – סמוטריץ'.  הסכם חלוקת הסמכויות גם הגביל את היכולת ישל שר הביטחון להתערב בהחלטות באמצעות הוראות ישירות למינהל האזרחי, והעביר את הייעוץ המשפטי בתחומי הפעילות של הסגן האזרחי מידי הפרקליטות הצבאית  אל מסגרת אזרחית הכפופה לשר.

על פי ההסכם, השר הנוסף במשרד הביטחון קיבל אחריות על מינויים, תקציב וכוח אדם במינהל האזרחי. הוא מופקד על המכרזים ועל המעטפת הארגונית של היחידות הכפופות לסגן האזרחי, וכן על המינויים למשרות האזרחיות במינהל. סמכויות אלה העניקו לסמוטריץ' יכולת לעצב את המנגנון, לקבוע את סדרי העדיפויות שלו ולרתום את כוח האדם והתקציבים לקידום מדיניותו. כדי לשמר מראית עין של המשך שלטון צבאי ולטשטש את מהותו הסיפוחית של המהלך, סמכויות אלה הוטמעו באופן פורמלי בתוך המערכת הצבאית. כלומר, נותרו בידי הגוף הצבאי הקרוי "המינהל האזרחי". בפועל, המינהל האזרחי הפך לגוף ביצוע הכפוף לדרג אזרחי-פוליטי, וניהול התחומים האזרחיים, עבודת המטה וקבלת ההחלטות בהם הועברו מהצבא למינהלת ההתיישבות ולשר הנוסף. כך מקבל השר הנוסף במשרד הביטחון סמכות להורות ישירות לגורמי הצבא, תוך עקיפת שר הביטחון ושרשרת הפיקוד הצבאית.

הסכם חלוקת הסמכויות ומינוי השר הנוסף במשרד הביטחון חוללו שינוי מבני עמוק באופן שבו ישראל שולטת בגדה המערבית, ומאפשרים לעקוף את המגבלות שמטיל הדין הבין-לאומי ההומניטרי על ניהול שטח כבוש, ובראשן תקנה 43 לתקנות האג. באמצעות העברת סמכויות ממנגנון השלטון הצבאי לגורמים אזרחיים-פוליטיים, הועבר מרכז הכובד בניהול השטח מראש המינהל האזרחי לגופים הכפופים לסמוטריץ'. זהו סיפוח דה-פקטו: לא הכרזה רשמית על החלת ריבונות, אלא אזרוח הדרגתי של מנגנוני השליטה בגדה המערבית, הכפפתם הישירה לממשלה ושילוב ההתנחלויות במערכות האזרחיות של ישראל.

סמוטריץ' עצמו הציג את מטרת השינוי בבהירות. בדיון בוועדת החוץ והביטחון ביולי 2023 הסביר כי הצבא נועד לעסוק בביטחון, וכי "מערכת צבאית לא באמת יודעת לנהל מערכת אזרחית". העברת הסמכויות נועדה, לדבריו, לשפר עבור המתנחלים את הכבישים, החינוך, המרפאות, את המעבר במחסומים בין הגדה לישראל ואת איכות החיים שלהם. הוא גם הבהיר כי מדיניות התכנון והאכיפה בגדה נועדה לשרת את "האינטרסים הלאומיים המדיניים והביטחוניים הישראליים במרחב".