במרץ 2012 אישרה מועצת זכויות האדם של האו"ם הקמת ועדה שתחקור את ההשפעות של ההתנחלויות על הזכויות "האזרחיות, הפוליטיות, הכלכליות, החברתיות והתרבותיות" של העם הפלסטיני בשטחים הכבושים, כולל מזרח ירושלים.
בנובמבר אותה שנה הגיש יש דין לוועדה נייר עמדה בנושא, שקובע באופן נחרץ כי ההתנחלויות הישראליות הן גורם מרכזי בפגיעה החמורה בזכויות האדם של הפלסטינים תושבי הגדה המערבית ומזרח ירושלים. מדובר בפגיעה רב שכבתית, שנוגעת בכמעט כל זכות אדם בסיסית. לטענת יש דין, כל ההתנחלויות בגדה המערבית הן בלתי חוקיות, והקמתן מהווה הפרה חמורה של המשפט ההומניטארי הבינלאומי, שאוסר על העברת אוכלוסייה של הצד הכובש לשטח הכבוש.
נייר העמדה מציין שברחבי הגדה המערבית ישנה תופעה חמורה של עבירות אידיאולוגיות בהיקף נרחב נגד פלסטינים. העבירות האלה מתרחשות על בסיס יום יומי, וממשלת ישראל מפרה את חובתה להגן על האוכלוסייה הפלסטינית כאשר היא נכשלת במניעת פשעים אלה ואף בחקירתם לאחר מעשה.
עוד נטען בנייר העמדה, כי מפעל ההתנחלויות גורם לנזק רב לרכוש פלסטיני, הן מצד אזרחים ישראלים שמונעים מפלסטינים גישה לאדמותיהם, משחיתים שדות ורכוש פלסטיני, מבצעים פלישות חקלאיות ומשתלטים על אדמות פלסטיניות; והן על ידי הרשויות, שמקצות קרקעות להתנחלויות, אינן אוכפות את החוק ביחס לאזרחים ישראלים שפולשים לאדמות פלסטיניות או גורמים נזק לרכוש פלסטיני, ואף תופסות קרקעות פלסטיניות לצרכים הביטחוניים של ההתנחלויות.
ההתנחלויות גם מהוות גורם לפגיעה קשה בחופש התנועה של התושבים הפלסטינים. חלק מההגבלות מהן סובלים הפלסטינים נובע מ"יוזמות פרטיות" מצד המתנחלים, וחלק הן הגבלות "רשמיות" שכופות הרשויות באמצעות צווים צבאיים. ההגבלות הללו, שחלקן נועדו לביטחון המתנחלים וחלקן נועדו לסייע להשתלטות על אדמות פלסטיניות, פוגעות בחופש התנועה של התושבים הפלסטינים באזורים נרחבים בגדה המערבית.
פגיעה נוספת היא באוצרות הטבע בגדה המערבית. הדין הבינלאומי מכיר בזכות הבלעדית של עמים לעשות שימוש באוצרות הטבע השייכים להם. אולם, מתן זכויות כריה לחברות ישראליות, שמוציאות את תוצרי הכרייה משטחי הגדה, פוגע זכויות הקולקטיביות של העם הפלסטיני ומונע מהם לפתח את הכלכלה הפלסטינית כראות עיניהם ולהנות מהרווחים הגלומים בכך.