ישראל מפרה את חובותיה לחקור כראוי חשדות בדבר עינויים או פשעי מלחמה, כך קובע דו"ח אלטרנטיבי (דו"ח צללים) שהגיש יש דין לוועדה נגד עינויים של האו"ם, לקראת הדיון בדו"ח התקופתי החמישי שהגיש משרד המשפטים לוועדה.

הדו"ח, שנכתב על בסיס נתוני יש דין בעזרת הקליניקה לזכויות אדם בינלאומיות באוניברסיטה העברית, שב ומדגיש כי מדינת ישראל נמנעת מיצירת מנגנון חקירה אפקטיבי, שיוכל לחקור באופן הראוי ובמהירות הראויה חשדות בדבר הפרת דיני המלחמה או חשדות בדבר עינויים או יחס אכזרי, בלתי אנושי או משפיל.

ועדת טירקל, שהוקמה בעקבות אירועי המשט הימי לרצועת עזה (מאווי מרמרה) במאי 2010, מצאה כי "יש מקום לתיקונים ולשינויים במנגנוני הבדיקה והחקירה וכי באחדים מן התחומים יש מקום לשינויים במדיניות המקובלת". הוועדה גם המליצה על שורה של צעדים שיש לנקוט כדי להבטיח שישראל תעמוד במחויבותה.

אולם, הצוות ליישום המלצות דו"ח ועדת טירקל (ועדת צ'חנובר) שתפקידו היה להמליץ על צעדים מעשיים ליישום המלצות דו"ח טירקל, החזיר את הגלגל לאחור. ועדת צ'חנובר נמנעה מהמלצות יישומיות קונקרטיות הנוגעות לתקני כוח האדם והתקציבים הדרושים לשם יישום ההמלצות ובחלק מההמלצות לא נקבעו מסגרות זמן ושלבים לביצוע. כמו כן, ועדת צ'חנובר נמנעה מלהורות על הטמעת חקיקה להפללת פשעי מלחמה באופן שיעלה בקנה אחד עם הדין הבינלאומי.

נתוני יש דין, אשר התקבלו מדובר צה"ל, מראים כי ב-2014 נוהלו 229 חקירות פלילית בחשד לפגיעה בפלסטינים בידי חיילי צה"ל, אולם רק שש חקירות הבשילו לכדי כתבי אישום.

נייר העמדה כולל מספר המלצות שישפרו באופן מהותי את מנגנון החקירות הצבאי:

    1. לשלב בחוק הישראלי חקיקה נגד עינויים ופשעי מלחמה
    2. יש לפתוח באופן מיידי בחקירה פלילית בעקבות תלונה על עינויים או יחס בלתי אנושי או משפיל ולחקור את התלונה באופן ממצה ואפקטיבי
    3. על הממשלה להקצות את המשאבים הכלכליים ואת כוח האדם המתאים כדי לעמוד בהמלצות אלה