בסוף 2012 החליט משרד התחבורה להפעיל קווי אוטובוס להסעת פלסטינים ממרכז הארץ למחסומים בגדה המערבית. ההחלטה התקבלה לאחר שבעקבות הגדלת מספר היתרי העבודה לפלסטינים, הם החלו להשתמש בקביעות באוטובוסים בגדה שעד אז נסעו בהם כמעט אך ורק ישראלים. במשרד התחבורה טענו שהצטברו אצלם תלונות מצד ישראלים על עימותים בין נוסעים פלסטינים לנוסעים ישראלים בקווי תחבורה ציבורית שנוסעים מאזור תל אביב והשרון לגדה המערבית.

בעקבות הפרסומים בנושא פנה יש דין פנה לשר התחבורה ישראל כץ, וליועמ"ש משרד הביטחון, עו"ד מלי סיטון, בבקשה לברר האם קיימת כוונה להוציא לפועל תוכנית להקמת קווי אוטובוס נפרדים על פי לאום בגדה המערבית, ואם כך הדבר – להימנע מליישם רעיון בלתי חוקי ובלתי מוסרי זה.

במכתב נטען כי תוכנית זו על פניה מהווה הפרדה גזעית. "המדובר בתוכנית תחבורה ציבורית המזכירה הסדרים משפטיים מתקופות אפלות ומשטרים גזעניים ורודניים שבוודאי שלא היינו רוצים לשוב או להידמות להם", נכתב שם. "מעבר להיותו בלתי מוסרי, אם הוא יאושר וייכנס לתוקף, הסדר התחבורה הציבורית האמור יהווה הפרה לכאורה של המשפט הישראלי והמשפט הבינלאומי, ובפרט המשפט ההומניטארי, דיני זכויות אדם ואף המשפט הבינלאומי הפלילי", נכתב במכתב.

במרץ 2013 החל משרד התחבורה בהפעלתם של קווי אוטובוס לפלסטינים בלבד מהמחסומים ברחבי הגדה לגוש דן. במקביל ניהלו ועד מתיישבי השומרון והרשויות המקומיות הישראליות בגדה המערבית באזור קמפיין אגרסיבי למניעת נסיעת פלסטינים בתחבורה הציבורית.

באוקטובר 2014 החליט שר הביטחון משה יעלון לשנות את הסדרי הנסיעה של הפועלים הפלסטינים, בהתאם לדרישות בימין. עד אז, פועלים מהגדה שביקשו לעבוד בגוש דן ובשרון נכנסו לישראל רק דרך מעבר אייל שליד קלקיליה אולם יכלו לחזור לביתם דרך כל המחסומים בגדה. כתוצאה מכך בחרו פלסטינים רבים לנסוע בקווים רגילים שבהם נוסעים גם אזרחים ישראלי, היות שהם עוצרים קרוב יותר לביתם. יעלון הורה למנהל האזרחי להכין מתווה חקיקתי שיחייב פלסטינים בעלי אישור כניסה לישראל להכנס חזרה לגדה דרך מעבר אייל בלבד, על מנת למנוע מהם לנסוע בקווים שנוסעים בגדה ושמשמשים אזרחים ישראלים.

בעקבות זאת יש דין פנה במכתב דחוף למפקד פיקוד מרכז, אלוף ניצן אלון וליועמ"ש איו"ש, אל"מ דורון בן ברק, בדרישה שיודיעו לשר הביטחון כי לא ניתן ליישם את בקשתו. מדובר בהסדר שהוא בגדר אפליה ממוסדת המבוססת על מוצא אתני ולאומי, המבקשת ליצור הפרדה בדומה להפרדות הגזעניות שהתקיימו בדרום אפריקה ובמדינות הדרום של ארצות הברית בחשוכות שבתקופות שמדינות אלה ידעו", נכתב במכתב.

ב-19.5.2015, יום העבודה הראשון של הממשלה ה-34, הוחלט לפתוח לתקופת נסיון של שלושה חודשים את תכנית ההפרדה האתנית באוטובוסים בגדה המערבית. הפיילוט הוצג לציבור כעניין של בחירה חופשית ולכן, כדי לעדכן את הפלסטינים בזכותם החדשה נתלו במחסומי הגדה פתקים [צירוף תמונה של הפתק]. יום למחרת, בעקבות הביקורת הציבורית והבינלאומית נגד ההחלטה, החליט ראש הממשלה לגנוז את התוכנית.