מסוף ספטמבר 2000 ועד לסוף שנת 2009 נפתחו 1,805 תיקי חקירה פלילית במצ"ח שעניינם חשד לפגיעת חיילים בפלסטינים וברכושם. אולם, רק 105 מתוך 1,805 החקירות הללו הבשילו לכדי הגשת כתבי אישום נגד חשודים. עולה אפוא כי רק ב־5.8% מתיקי החקירה הצליחו חוקרי מצ"ח למצוא די ראיות להגשת כתב אישום נגד אדם אחד או יותר.
החקירות שיש דין עוקב אחריהן עוסקות בחשדות לביצוע עבירות פליליות חמורות מסוגים שונים: ירי בלתי חוקי שחלקו גרם להרג ולפציעת אזרחים; תקיפה אלימה של פלסטינים; מעשי ביזה ופגיעה ברכוש; נטילת שוחד ועבירות נוספות.
מהנתונים עולה כי כתבי האישום הוגשו נגד 161 חיילים. 143 (89% מכלל הנאשמים) הורשעו בעבירות שונות, רבים מהם במסגרת הסדרי טיעון שבהן הופחתו העבירות שיוחסו לחיילים וכתוצאה מכך נגזרו עליהם עונשים קלים. שמונה נאשמים (5% מכלל הנאשמים) זוכו מכל העבירות שיוחסו להם. כתבי האישום נגד 10 נאשמים (6% מכלל הנאשמים) נמחקו על ידי התביעה לאחר הגשתם.
בשנת 2008 פרסם יש דין את הדו"ח "חריגים", שכלל לראשונה מקבץ נתונים על טיפולה של המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח) בחקירת חשדות לעברות פליליות שביצעו חיילים נגד פלסטינים, כולל פגיעה ברכושם, בין השנים 2007-2000. בדו"ח נמצא כי תקופה זו הובילו רק 6% מכלל החקירות של עברות כאלה להגשת כתבי אישום נגד חייל אחד או יותר. המידע בדף הנתונים מראה כי שיעור הכישלון בחקירות מצ"ח נשאר דומה.