منذ أواخر أيلول (سبتمبر) 2000 وحتى نهاية عام 2009 باشرت شرطة التحقيقات العسكرية بالتحقيق في 1805 ملفات تحقيق جنائي، تتمحور حول الاشتباه في اعتداء جنود على فلسطينيين وممتلكاتهم. ولكن من مجمل هذه الملفات أفضى 105 ملفات فقط إلى تقديم لوائح اتهام ضد المشبوهين. يعني هذا أن محقّقي الشرطة العسكرية قد نجحوا في العثور على أدلة كافية لتقديم لائحة اتهام ضد شخص أو أكثر في %5.8 من الملفات فقط.

تتناول التحقيقات التي تتابعها “ييش دين” شبهات حول ارتكاب مخالفات جنائية خطيرة في قضايا مختلفة مثل، إطلاق نار غير قانوني أسفر في بعض الحالات عن قتل وإصابة مدنيين؛ اعتداء عنيف على فلسطينيين؛ أعمال نهب وتعدٍّ على ممتلكات؛ تلقي رشوة ومخالفات أخرى.

وتُظهر المعطيات أنه تمّ تقديم لوائح الاتهام ضد 161 جنديًّا، أُدين منهم 143 متّهما (%89 من مجمل المتهمين) بتهم مختلفة. جزء كبير من حالات الإدانة هذه تمّت في إطار صفقة تسوية مع الادعاء، تضمّنت تخفيف حدة المخالفات المنسوبة للجنود وبالتالي فرض عقوبات خفيفة عليهم. كما تّمت تبرئة ثمانية من المتّهمين (%5) من كافة التهم المنسوبة إليهم. وقام الادعاء بشطب عشر لوائح اتهام (%6) مباشرة بعد تقديمها.

في عام 2008 نشرت “ييش دين” تقريرها “استثناءات”، الذي احتوى للمرة الأولى على مجموعة من المعطيات حول تحقيق شرطة التحقيقات العسكرية مع جنود اشتبهوا في ارتكاب مخالفات جنائية ضد فلسطينيين، بما في ذلك التعدّي على ممتلكاتهم، بين السنوات 2000-2007. وأشار التقرير أنه خلال هذه الفترة أفضت %6 فقط من مجمل التحقيقات في مخالفات كهذه، إلى لوائح اتهام ضد جندي واحد أو أكثر. وتشير المعلومات في ورقة المعطيات أن نسبة الفشل في تحقيقات الشرطة العسكرية بقيت على حالها.