דו"ח "חקירה לכאורה" עוסק בכשלים השיטתיים שמובילים לכשלון חקירות מצ"ח (המשטרה הצבאית החוקרת) ביחס לעבירות שביצעו לכאורה חיילי צה"ל כנגד פלסטינים או רכושם. נתוני יש דין, שהתבססו על מעקב במשך שש שנים אחר 192 תלונות וניתוח של 67 תיקי חקירה של מצ"ח, מראים כי 96.5% מהתלונות שמגישים פלסטינים כנגד חיילים נסגרות ללא הגשת כתב אישום.

התיקים שמנתח הדו"ח עוסקים בקשת רחבה של פגיעות בפלסטינים ורכושם: מהרג ופציעה, עבור באלימות כלפי עצורים ועוברי אורח וכלה בביזה ופגיעה אחרת ברכוש. בין הגורמים הבולטים שמובילים לכשלון חקירת מצ"ח, ציין הדו"ח את היעדרם של בסיסי מצ"ח בגדה המערבית, דבר שמקשה משמעותית על פלסטינים להגיש תלונות כנגד חיילים אלא בסיועם של ארגוני זכויות אדם, משום שנשללת מהם בפועל היכולת להגיש תלונה ישירות; משיכת תלונות מצד הקורבנות, בשל חשש מפגיעה על ידי החיילים שכנגדם התלוננו או משלילת היתרים; והיותו של התחקיר המבצעי גורם מסכל לחקירה פלילית.

היעדרם של בסיסי מצ"ח בגדה מביא לכך שכאשר קורבן עבירה פלסטיני רוצה להגיש תלונה, הוא צריך תיאום כדי להכנס לישראל ולרוב, תיווך של ארגון זכויות אדם; הדו"ח מצא כי רק 9% מהתלונות שהוגשו למצ"ח הוגשו על ידי הקורבנות עצמם. תקלות בהליך הזה או בהגעה לבסיס גורמות במקרים לא מעטים למתלונן להתייאש מתהליך התלונה. תלונות שמוגשות למצ"ח דרך השוטרים הישראלים במת"קים (מפקדת תיאום וקישור) אובדות לעתים; קצין מצ"ח ירושלים אמר ליש דין כי מדובר ב"בעיה ידועה ומוכרת".

עוד נמצא בדו"ח, כי מעבר להיותו של התחקיר המבצעי הליך משבש חקירה – נקודה עליה עומד הדו"ח באריכות – נמצאו גם כשלים בעבודתם השגרתית של חוקרי מצ"ח. לעתים הם נמנעים מזימון עדים מרכזיים, הם אינם עושים שימוש בפוליגרף ואינם מעמתים בין קורבן העבירה ובין החשוד בביצועה ואינם עורכים מסדרי זיהוי חיים. כמו כן, בעיות התרגום מקשות על החקירה. נקודה שעמד עליה הדו"ח, ושהורחבה משמעותית אחר כך בדו"ח "לאקונה", היא הסירוב של מצ"ח לבחון את אחריותם לא רק של החשודים עצמם אלא של מפקדיהם.